El tratamiento «in situ» es ventajoso en una instancia donde la excavación tiene costos prohibitivos, o es imposible de realizar o no existe un lugar cercano para la celda de tratamiento.
Este método por lo general consiste en establecer un gradiente hidrostático a lo largo del área contaminada. Se hace fluir agua o aire a través del área contaminada arrastrando los productos biotecnológicos y sus nutrientes, por medio de su inyección por perforaciones realizadas ad hoc. Dichas perforaciones sirven inicialmente para medir la extensión, profundidad y grado de la contaminación.
La mayor parte de los parámetros que necesitan ser vigilados en un proyecto de Bioremediación, están en función de crear un ambiente favorable, para el desarrollo bacteriano. Una vez que el medio ambiente es receptivo para el crecimiento de las bacterias, y un sistema de monitoreo satisfactorio, ha sido establecido, los programas no exigen laboreo intensivo o grandes capitales.
El tiempo promedio para un proyecto de Bioremediación, varía en 60 a 90 días si es»vecino», y entre 6 a 12 meses si es «in situ«, dependiendo de los niveles de contaminación y su profundidad.